研究院和研究中心的注册部门主要取决于其性质和类型：

企业性质：如果是企业性质的研究院或研究中心，通常需要在‌工商局‌或‌市场监督管理部门‌进行注册登记。这包括盈利性的科技研发中心、工程研究中心等

民办非企业性质：如果是民办非盈利性质的研究院，则需要在民政局进行注册登记。这类研究院通常不以盈利为目的，而是专注于某一领域的研究和发展。

在注册前，建议明确研究院或研究中心的性质、经营范围和未来发展方向，以便选择合适的注册部门并准备相应的申请材料。

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